Nusantara, menurut teori terletak di persimpangan tiga lempeng dunia, yang
potensial menimbulkan tekanan sangat besar pada lapisan kulit bumi. Akibat
lapisan kulit bumi Nusantara—pertemuan tiga lempeng dunia—tertekan ke atas,
hasilnya membentuk hamparan-hamparan luas yang dikenal sebagai Paparan
Benua Sunda dengan barisan gunung berapi dan pegunungan panjang yang
pada masa purbakala disebut sebagai Swetadwipa atau Lemuria. Hamparan luas Paparan Benua Sunda yang awalnya berupa dataran dangkal itu, pada Zaman
Es ketika permukaan laut turun ratusan meter, terlihat mencuat ke permukaan.
Oleh karena terletak di persimpangan tiga lempeng dunia, wilayah ini sering
diguncang gempa bumi hebat dan letusan gunung berapi yang dahsyat.
Pada zaman Glacial Wurm atau Zaman Es akhir, yang berlangsung sekitar
500.000 tahun silam, es di Kutub Utara dan Kutub Selatan mencair sehingga
air laut naik dan menimbulkan gelombang setinggi satu mil. Akibat naiknya air
laut yang menggelombang hingga setinggi satu mil, hamparan Paparan Benua Sunda yang luas itu tenggelam ke dalam laut dan
hanya dataran tinggi dan puncak-puncak vulkanis yang tersisa. Belakangan, sisa-sisa dataran yang tidak tenggelam tersebut dikenal sebagai Kepulauan
Nusantara yang terdiri dari Paparan Sunda Besar dan Paparan Sunda Kecil, yang sambung-menyambung hingga Benua Australia.
Menurut Peta yang dihasilkan Southeast Asia Research Group di London, Kepulauan Nusantara
dulunya merupakan satu kesatuan dengan Benua Asia. Tetapi, daratannya yang rendah tenggelam ke dasar laut dan hanya gununggunung vulkanik dan daerah dataran tinggi bergunung-gunung yang tersisa menjadi pulau-pulau. Menurut teori Prof. Arysio Nunes dos Santos—fi sikawan nuklir dan ahli geologi asal Brazilia— Kepulauan Nusantara dulu merupakan
bagian sisa dari Benua Atlantis yang tenggelam akibat peristiwa banjir besar
yang terjadi pada akhir Zaman Es. Peristiwa itu terekam dalam cerita-cerita
purba di berbagai belahan dunia tentang terjadinya banjir besar yang melanda
dunia, yang menenggelamkan seluruh dataran rendah dan menyisakan dataran
tinggi dan gunung-gunung berapi sebagai pulau-pulau.
Dalam peta geografi modern, Nusantara terletak di persimpangan jalan
antara Samudera Hindia dan Samudera Pasifi k, yang dalam jalur perdagangan
tradisional menghubungkan Teluk Benggala dan Laut Cina. Kepulauan Nusantara membentang dari barat ke timur sejauh 5.000 km, dan dari utara ke selatan sejauh 2.000 km, yang karena luasnya wilayah sampai terbagi dalam tiga wilayah waktu. Wilayah yang luas itu dihuni oleh lebih dari 300 suku dengan subsukusubsuku, dengan berbagai varian dan derivat bahasanya. Oleh karena bagian terbesar wilayah Nusantara berupa laut, hubungan ekonomi dan kebudayaan
penduduknya lebih sering terjalin dari satu pantai ke pantai lain daripada dari
daerah pedalaman ke daerah pedalaman lain, yang terpisah oleh rintangan
geografi s bergunung-gunung dan berhutan-hutan.